A segunda parte do mangá (ou Parte II) também ganhou adaptação para anime, porém com o título de Naruto Shippuden, exibido desde 15 de fevereiro de 2007 pela TV Tokyo e posteriormente pelo Animax. Nos Estados Unidos, a série começou a ser exibida em 28 de outubro de 2009 pelo Disney XD, com os primeiros quatro episódios, lutando pela audiência com o Cartoon Network. A história se passa dois anos e meio após a partida de Uzumaki Naruto para um treinamento com o Sannin Jiraiya para fora de Konoha. Após seu retorno, Uzumaki Naruto e sua equipe, agora em nova formação, engajam em uma investigação da organização de criminosos e ninjas renegados Akatsuki, e de um possível resgate de Uchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, e Konoha, em Naruto:  Shippuden é a Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.

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